Il museo espone la più ampia rassegna di archeologia ligure: preistoria e protostoria della Liguria; le sepolture paleolitiche dalla grotta della Arene Candide, i ricchissimi corredi della necropoli preromana di Genova; gli scavi delle città della Liguria romana; la collezione di antichità greche e romane del Principe Odone di Savoia; due sale dedicate alla collezione egizia e ai marmi romani.