L’edificio che vediamo oggi è quanto rimane dell’antica chiesa dedicata a San Michele e ai Santi Arcangeli, che ospitava anche altri affreschi di Jacopo da Verona. La Cappella di Santa Maria fu eretta a seguito di un incendio, avvenuto durante l’assedio del vicino Castelvecchio nel corso della riconquista di Padova ai Visconti da parte dell’ultimo Signore, Francesco II Novello da Carrara.